Emissione scontrino e relativa fattura, perché non è consigliabile

DOMANDA
Un mio cliente ha ricevuto una compliance sulla dichiarazione Iva in quanto il totale del volume di affari risulta inferiore al totale di corrispettivi telematici e fatture elettroniche trasmessi. Abbiamo risposto che la differenza è dovuta proprio alle fatture con documento commerciale. Infatti le fatture elettroniche con riferimento ai documenti commerciali non sono state inserite nella dichiarazione Iva per evitare una duplicazione. Chiamando il numero verde di AdE mi hanno detto che non possono esserci fatture emesse con riferimento al documento commerciale, quindi o fattura o documento commerciale. Vorrei sapere la sua opinione.