Regime fiscale RF04, come funziona

DOMANDA
In una pubblica amministrazione, soggetta alla normativa sulla scissione dei pagamenti, si riceve una fattura elettronica da parte di una società agricola che indica nel documento il regime fiscale RF04 Agricoltura e attività connesse e pesca e contestualmente nel campo di esigibilità dell’IVA riporta la dicitura scissione dei pagamenti. Si provvede ad emettere il rifiuto della fattura ed attendere l’emissione di un documento senza scissione, lo SDI non contesta/scarta il rifiuto. La società agricola contesta il rifiuto, e informa solo successivamente tramite email che si avvale invece del regime fiscale RF01 Ordinario, e che avrebbe riemesso la fattura tal quale. Può spiegare come funziona l’indicazione del regime fiscale applicato nel documento fattura elettronica e questa esenzione RF04 e scissione? Non vale sempre, in assenza di note o specifiche elencate nel documento?