Fatture elettroniche con due diversi applicativi: come numerarle

DOMANDA
Ho Partita Iva a regime forfettario e vorrei vendere dei servizi online oltre a svolgere le mie normali attività di sviluppatore software. Il punto è il seguente:
per le mie normali attività di consulenza informatica emetto fattura tramite un sistema di fatturazione online in cui rispetto la progressione delle fatture. Ora mi trovo in difficoltà su come agire per attuare questo mio progetto di vendita online di servizi in quanto per accettare pagamenti utilizzerei un sistema di pagamenti online, sistema che offre anche una soluzione di fatturazione molto comoda e molto documentata. Domanda secca: se io emetto le fatture tramite X, posso emettere fatture anche da Y con la stessa partita iva? Come mi comporto col numero di progressione?
ad esempio se ho emesso fattura n°6 da X e nel frattempo qualcuno sta acquistando un servizio su paypal il numero di progressione non viene più rispettato in quanto vengono emesse da due sistemi diversi. Come posso risolvere questo dilemma?